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사장님의 하루

약국 창업 전 법률 체크리스트 — 개설등록부터 사업자·직원·임대차까지 한눈에

인테리어 견적서에 도장을 찍기 직전, 잠깐 손이 멈추는 순간이 있습니다. “이 자리에, 지금 이 조건으로, 약국을 열어도 정말 괜찮은 걸까.” 자금도 맞췄고 자리도 봐뒀는데, 막상 다음 단계로 넘어가려니 무엇을 먼저 신고하고 무엇을 빠뜨리면 안 되는지가 안갯속입니다. 이 결정을 잘못 내리면 며칠이 아니라 수백만 원이 걸립니다.

실제로 인테리어 계약과 공사까지 끝낸 뒤 개설등록 요건에 걸려 개업이 미뤄지는 일이 일어납니다. 그래서 이 글은 “지금 이 자리에 열어도 되나”, “사업자등록은 어떻게 내나”, “직원을 쓰면 뭘 챙겨야 하나”라는, 계약서에 서명하기 전에 떠오르는 질문에 순서대로 답합니다. 무엇을 먼저 확인해야 손해를 막고, 빠뜨리면 어떤 불이익이 따르는지를 현행 제도 기준으로 정리했습니다.

먼저 결론부터

  • 약국은 약사·한약사 본인만 개설할 수 있고, 한 사람이 둘 이상 개설·운영하는 것은 금지됩니다. 명의·지분으로 우회하자는 제안은 거절하세요.
  • 개설등록(관할 시·군·구, 실무는 보건소)과 사업자등록(세무서)은 별개 절차입니다. 약국은 조제(면세)와 일반약 판매(과세)가 섞인 겸영사업자로 등록됩니다.
  • 인테리어·임대차 계약에 서명하기 전에 관할 보건소에 개설 요건부터 확인하는 것이 가장 확실한 손해 예방입니다.

누가, 몇 개를 열 수 있나 — 개설 자격의 선

가장 먼저 넘어야 할 선은 “이 약국을 내가 직접 열 자격이 있는가”입니다. 약국은 약사 또는 한약사 면허를 가진 사람만 개설할 수 있습니다. 면허가 없는 사람은 어떤 형태로도 약국의 개설 주체가 될 수 없습니다.

그리고 한 사람이 운영하는 약국 수에도 제한이 있습니다. 종래에도 1인 1약국이 원칙이었는데, 최근 약사법 개정으로 약사 또는 한약사가 어떠한 명목으로도 둘 이상의 약국을 개설하거나 운영할 수 없도록 문구가 더 분명해졌습니다. 기존의 ‘개설’만이 아니라 ‘운영’까지 명시해, 명의는 따로 두고 실질만 장악하는 이른바 ‘네트워크 약국’ 방식을 정면으로 막은 것이 핵심입니다. 이 개정 규정은 공포 후 6개월이 지난 날부터 시행됩니다.

그래서 다음과 같은 제안은 모두 위험 신호로 봐야 합니다.

  • “면허만 빌려달라. 운영은 우리가 한다.”
  • “약사님은 명의만, 실질 사장은 따로 있다.”
  • “투자 지분 형태로 두 번째 약국에 들어와 달라.”

동업이나 투자 제안을 받더라도, 판단 기준은 단순합니다. 실질 운영 주체가 약사 본인인가입니다. 이 선을 넘으면 등록 취소나 처벌로 이어질 수 있고, 일단 일이 벌어진 뒤에는 되돌리기 어렵습니다. 조건이 좋아 보일수록 “왜 굳이 내 면허가 필요한가”를 먼저 물어보세요. 애매하면 진행하지 말고, 진행 전에 확인하는 편이 언제나 쌉니다.

개설등록과 사업자등록 — 무엇이 먼저인가

창업 초보가 가장 자주 헷갈리는 지점이 여기입니다. “신고를 한 번만 하면 되는 줄 알았다”는 분이 많은데, 약국은 성격이 다른 두 개의 등록을 각각 해야 합니다.

첫째, 약국 개설등록입니다. 관할 시장·군수·구청장에게 등록하며, 실무 창구는 보건소입니다. 시설 기준과 구비 서류가 정해져 있어서, 자리를 확정하기 전에 “이 자리가 그 요건을 맞출 수 있는 공간인가”를 먼저 따져봐야 합니다. 이것이 자격·시설에 관한 관문입니다.

둘째, 사업자등록입니다. 개설등록과 완전히 별개로, 세무서에 따로 해야 합니다. 이것은 세금에 관한 등록입니다.

큰 줄기를 순서로 잡으면 이렇게 됩니다.

  • 1단계 — 개설등록(자격·시설): 약사 본인 자격 확인, 자리·시설 요건 확인 후 보건소 등록
  • 2단계 — 사업자등록(세무): 세무서에 등록, 과세 유형 정확히 설정
  • 3단계 — 4대보험(직원이 있다면): 채용과 동시에 가입 의무 발생

이 세 줄기를 개업 예정일 기준으로 역산해 일정표로 만들어 두면 절차를 놓치지 않습니다. 특히 시설 공사 일정과 등록 심사 일정이 어긋나면 개업이 통째로 밀리므로, 공사를 먼저 질러놓고 등록을 나중에 맞추는 순서는 피하는 것이 안전합니다.

조제는 면세, 판매는 과세 — 겸영사업자라는 숙제

약국 세무가 일반 소매점보다 까다로운 이유는 매출 안에 성격이 다른 두 종류가 섞여 있기 때문입니다. 약사가 처방전에 따라 제공하는 조제 용역은 의료보건용역으로 보아 부가가치세가 면세이고, 일반의약품·건강보조식품·잡화 등의 판매는 소매업으로 과세됩니다. 그래서 약국은 과세와 면세를 함께 하는 겸영(겸업)사업자로 등록되는 것이 일반적입니다.

이 구분을 정리해 두면 헷갈리지 않습니다.

구분 대표 항목 부가세
조제 용역 처방 조제(건강보험·산재·자동차보험 등 청구분) 면세
의약품·잡화 판매 일반의약품, 건강보조식품 판매 과세

왜 처음부터 정확히 등록해야 할까요. 부가세 신고에서 약국의 핵심 쟁점이 바로 매입자료의 과세·면세 구분이기 때문입니다. 약국이 부담한 매입 부가세는 과세 매출에 대응하는 부분만 공제·환급받을 수 있고, 면세 매출에 대응하는 부분은 환급되지 않습니다. 과세 유형을 처음에 잘못 잡거나 매출·매입 구분을 대충 해두면, 신고철마다 같은 혼선이 반복되고 가산세 위험도 생깁니다.

결론은 단순합니다. 등록 단계에서 겸영사업자로 정확히 자리를 잡아두고, 면세·과세 매출과 매입을 처음부터 분리해 기록하세요. 약국 세무에 익숙한 세무사의 도움을 받으면 신고 시즌마다 들이는 시간이 크게 줄어듭니다.

직원·임대차·광고 — 빠뜨리면 손해 보는 세 곳

등록을 마쳤다고 끝이 아닙니다. 운영을 시작하면 세 군데에서 “바빠서 나중에”가 가장 흔한 함정이 됩니다.

① 직원 — 근로계약서 서면 교부가 먼저입니다. 직원을 채용하면 근로기준법 의무가 따라옵니다. 핵심은 임금의 구성·계산·지급방법, 소정근로시간, 주휴일, 연차유급휴가 등을 서면으로 명시해 근로자에게 교부하는 것입니다(근로기준법 제17조). 이를 위반하면 같은 법 제114조에 따라 500만 원 이하의 벌금 대상이 될 수 있습니다. 게다가 이 처벌은 근로자와 합의한다고 면제되는 반의사불벌죄가 아니라는 점도 알아두는 편이 좋습니다. 여기에 고용·산재·국민연금·건강보험 4대보험 가입도 채용과 동시에 챙겨야 합니다.

② 임대차 — 입지가 곧 매출이라 더 신중하게. 약국은 위치가 매출을 좌우하기 때문에 계약 조건을 문서로 명확히 남겨야 합니다. 계약 기간, 임대료 인상 조건, 원상복구 범위, 권리금을 반드시 확인하세요. 특히 권리금과 관련해, 상가건물 임대차보호법은 임대차 기간이 끝나기 6개월 전부터 임대차 종료 시까지 임차인의 권리금 회수기회를 보호합니다. 임대인은 이 기간에 임차인이 주선한 신규 임차인으로부터 권리금을 받는 것을 방해해서는 안 되고, 이를 어겨 손해가 발생하면 배상 책임을 집니다. 참고로 권리금 회수기회 보호 규정은 환산보증금 기준을 초과하는 임대차에도 적용됩니다. 다만 차임 3기 이상 연체 등 법이 정한 예외 사유가 있으면 보호가 적용되지 않으니, 계약 관리에 빈틈이 없어야 합니다.

③ 광고·간판 — 개업 홍보 전에 한 번 확인. 의약품이나 약국에 대한 과장·허위 광고는 제한되고, 옥외광고물 규정도 적용됩니다. 개업 이벤트나 간판을 준비할 때 미리 확인하면, 영업을 시작한 뒤 시정 요구를 받는 번거로움을 피할 수 있습니다.

서명 전 점검표와, 계약 전 보건소 확인

여기까지가 창업 직전 점검의 큰 그림입니다. 마지막으로, 인테리어·임대차 계약서에 서명하기 전에 한 번 훑어볼 점검표를 정리합니다.

  • 이 약국의 개설 주체가 약사 본인인가 (명의·지분 우회 제안 없음)
  • 관할 보건소에 이 자리의 시설 기준·개설 요건을 확인했는가
  • 사업자등록을 겸영사업자로 낼 준비가 되어 있는가
  • 직원을 둔다면 서면 근로계약서와 4대보험 가입 일정이 잡혀 있는가
  • 임대차 계약서에 기간·인상 조건·원상복구·권리금이 문서로 명확한가
  • 간판·개업 광고가 관련 규정에 어긋나지 않는가

그중에서도 가장 강조하고 싶은 한 가지는 계약과 공사 전에 관할 보건소에 개설 요건부터 확인하는 것입니다. 시설 기준이나 입지 제약은 지역·건물 상황에 따라 달라서 글로만 확정할 수 없는 부분이 남습니다. 이미 계약과 공사를 끝낸 뒤 등록이 막히면 회복하기 어려운 비용이 발생하기 때문에, 순서를 바꾸는 것만으로 가장 큰 손해를 막을 수 있습니다.

저희는 약국 사장님의 창업·운영 과정에서 보험과 리스크 부분을 함께 점검해 드립니다. 다만 정직하게 말씀드리면, 점검 결과 지금의 보장이나 준비 상태가 적절하다면 “그대로 두셔도 됩니다”라고 말씀드립니다. 굳이 새로 들 필요가 없으면 권하지 않는 것이 원칙입니다. 세무·노무·법령의 구체적 판단은 각 분야 전문가와 관할 기관 확인이 우선이라는 점도 분명히 말씀드립니다. 큰 그림에서 빠진 곳이 없는지 한 번 같이 봐 드리는 정도로 생각하시면 됩니다.

자주 묻는 질문

Q. 약국은 누구나 열 수 있나요?
A. 아닙니다. 약사 또는 한약사 면허자만 개설할 수 있고, 한 사람이 어떠한 명목으로도 둘 이상의 약국을 개설하거나 운영하는 것은 금지됩니다.

Q. 개설등록과 사업자등록은 같은 건가요?
A. 다릅니다. 개설등록은 관할 시·군·구(실무는 보건소)에, 사업자등록은 세무서에 각각 해야 합니다. 성격이 다른 별개의 절차입니다.

Q. 약국 사업자는 과세인가요, 면세인가요?
A. 둘 다입니다. 처방 조제 용역은 면세, 일반의약품 등 판매는 과세여서 보통 겸영(겸업)사업자로 등록됩니다. 매출·매입의 과세·면세 구분이 부가세 신고의 핵심입니다.

Q. 직원을 쓰면 무엇을 챙겨야 하나요?
A. 임금·근로시간·주휴일·연차 등을 적은 근로계약서를 서면으로 교부하고(근로기준법 제17조), 4대보험에 가입해야 합니다. 서면 미교부 시 500만 원 이하의 벌금 대상이 될 수 있습니다.

Q. 임대차 계약에서 권리금은 어떻게 보호되나요?
A. 상가건물 임대차보호법상 임대차 종료 6개월 전부터 종료 시까지 권리금 회수기회가 보호됩니다. 이 규정은 환산보증금 기준을 넘는 임대차에도 적용되지만, 차임 3기 이상 연체 등 예외 사유가 있으면 보호받지 못합니다.

프라임 솔루션 편집팀

약국 사장님 입장에서 공개 제도·기관 자료에 근거해 정리합니다.

최종 검토 2026.06.06


출처: 약사법 및 복수개설·운영 금지 개정(국가법령정보센터, 개정 보도 약사공론), 근로기준법 제17조·제114조(고용노동부 표준근로계약서 안내), 상가건물 임대차보호법 제10조의4 권리금 회수기회 보호(찾기쉬운 생활법령정보 easylaw.go.kr), 약국 겸영사업자 부가가치세 일반 안내(국세청·세무 실무 자료) — 2026년 6월 확인

※ 법령·절차는 변경될 수 있고 사안마다 다릅니다. 구체적인 내용은 관할 보건소·세무서, 필요시 전문가 상담으로 확인하세요(세무 국세청 126 / 노무 고용노동부 1350).